Студиските програми од втор циклус (вкупно шест) се целосно усогласени со одредбите на Болоњската декларација и правилата на ЕКТС и се состојат од задолжителни и изборни предмети. Времетраењето на студирањето е различно имено, два, три и четири семестри, со цел да се одговори на потребите на студентите кои доаѓаат со различен број на кредити од претходното образование. Со завршувањето на студиите, студентот се здобива со звање магистер на науки од областа на земјотресното инженерство и зависно од времетраењето на студиите се стекнува со 60, 90 или 120 кредити, соодветно. Во рамките на едукативната дејност од втор циклус со звањето магистер досега се стекнале 208 студенти.
Покрај во наставниот процес, студентите се активно вклучени и во тековни научноистражувачки проекти и се мотивирани за реализација на меѓународна мобилност, учество во летни школи, обуки, работилници и сл. Во правец на континуирана поддршка и создавање на нов кадар од областа на земјотресното инженерство, Институтот години наназад доделува стипендии на најдобрите запишани студенти во форма на ослободување од пропишаната школарина.
Наставата се одвива на македонски и на англиски јазик.