Науката претставува основен столб и двигател на сите дејности на Институтот. Научноистражувачките активности на ИЗИИС се ориентирани кон изнаоѓање решенија и утврдување на основи за намалување на сеизмичкиот ризик и ризикот од други природни катастрофи. Во текот на своето постоење Институтот реализирал голем број меѓународни, билатерални и национални научноистражувачки проекти со огромен придонес во правец на градење и јакнење на институционалните капацитети за справување со природните ризици. За време на својот 55-годишен растеж Институтот развива и перманентно одржува интензивна соработка на меѓународен план. ИЗИИС е една од водечките научни институции во државата која партиципира во рамковните програми финансирани од Европската Комисија, уште од нивниот почеток. Како резултат на активното учество Институтот е една од ретките членки на УКИМ која се јавува во улога на координатор на проекти од програмите на Европската Комисија. Во последната декада, Институтот како партнер земја учествува во реализацијата на 5 проекти финансирани од Европската комисија. За истакнување е учеството на Институтот во низа проекти финансирани од НАТО во рамките на програмата „Наука за мир”. Досега, ИЗИИС успешно реализирал 6 вакви проекти, од кои 3 во последната декада, во соработка со земји членки на НАТО и партнер земјите. Исто така, досега се реализирани поголем број на билатерални проекти со САД, Кина, Германија, Турција, Австрија, Бугарија, Албанија, Словенија, Хрватска и др., како и голем број на национални научноистражувачки проекти финансирани од Министерството за образование и наука на Република С. Македонија и Универзитетот Св. Кирил и Методиј во Скопје.
Активностите на Институтот поврзани со наука и истражување во основа се поврзани со следниве главни категории:
- Оцена на мулти хазарди
- Сеизмичко проектирање и оцена на одговор на згради
- Инженерски и инфраструктурни објекти, проценка на сеизмичка повредливост, стабилност, одржливост, мониторинг
- Геотехничко земјотресно инженерство
- Експериментални платформи за динамичко испитување
- Напредни модели и техники за моделирање на ризик